К середине ноября 1941 года советские корабли пользовались только фарватерами № 2 и № 3. Более удобным и оборудованным был фарватер № 3, который вел к берегу с открытого моря. Он состоял из двух колен шириной три мили. В начале его стоял светящийся буй, подход к которому осуществлялся, как правило, ночью. Для обеспечения прохода по фарватеру кораблей, идущих с моря, к расчетному времени из главной базы высылался тральщик «Т-27», на котором находились лоцман и штурман дивизиона. В условиях плохой видимости в помощь тральщику выделялся один катер-охотник, который находился у подходного буя. В случае ухудшения видимости тральщик и катер-охотник периодически включали прожекторы для ориентировки подходящих судов. После встречи они шли за тральщиком. Важную роль в обеспечении выхода кораблей и транспортов из главной базы и входа в нее сыграл манипуляторный отряд гидрографического отдела флота. Всеми средствами манипуляторных пунктов управлял дежурный по отряду, находившийся в подчинении оперативного дежурного ОВР. Корабли, подходящие с моря к Севастополю, запрашивали о включении огней, и оперативный дежурный отряда, получив соответствующее разрешение, отдавал приказания командирам манпунктов или начальникам маяков. Движение по фарватерам в период обороны Севастополя было чрезвычайно напряженным. За этот период зафиксировано 15 884 входа и выхода кораблей и различных судов.