В первый же день войны на позиции для действий на морских коммуникациях вышла Щ-209 (И.Киселёв).
Поиск чистых от мин подходов к побережью и районов маневрирования под берегом стоил дорого: В районе Бургаса по корме Щ-209 (И.Киселёв) взорвалась мина.
26 марта во время налёта был смертельно ранен командир Щ-209 капитан 3 ранга И.Киселёв.
Основным оружием, которое противолодочные корабли противника использовали в борьбе с нашими лодками, были глубинные бомбы - большие типа WBD и малые типа WBF. Большие бомбы имели заряд 135 кг и устанавливались на различную глубину взрыва - от 25 до 120 м, малые бомбы имели заряд 32 кг и устанавливались на глубину взрыва от 15 до 75 м. Наиболее часто глубина взрыва устанавливалась в диапазоне 25-70 м.
При обнаружении пл неприятель начинал преследование, которое нередко длилось часами. При этом сбрасывались сотни бомб.
на Щ-209 (В.Иванов) за 2 рейса было сброшено - 738 бомб.
За последние рейсы на Щ-209 (В.Иванов) доставили в Новороссийск командующего Приморской армией генерала И.Е.Петрова вместе с 60 офицерами армии и флота.
Из воспоминаний И.Середы, радиста пл Щ-209: «28 июня с рассветом всплыли и подошли к месту разгрузки. Быстро освободились от боезапаса и думали, что, приняв раненых, сразу же будем возвращаться на Кавказ. Однако, получив приказание до особого распоряжения оставаться в Севастополе, лодка вышла из Камышовой бухты и легла на грунт. Это распоряжение мы должны были получить по радио с наступлением темноты. Около десяти часов вечера начали всплывать. Нам предписывалось следовать в район 35-й береговой батареи в распоряжение командования Севастопольского оборонительного района.
Всего на борт мы приняли свыше шестидесяти человек. Среди них был командующий Приморской армией генерал-майор Иван Ефимович Петров, члены Военного совета армии: дивизионный комиссар Иван Филиппович Чухнов, бригадный комиссар Михаил Георгиевич Кузнецов, начальник штаба армии генерал-майор Николай Иванович Крылов (впоследствии Маршал Советского Союза), комендант береговой обороны флота и главной базы генерал-майор береговой обороны Пётр Алексеевич Моргунов, военком береговой обороны бригадный комиссар Константин Сергеевич Вершинин.
Благополучно миновали минные поля и оказались в открытом море. Но утром мы были обнаружены вражескими катерами. Они атаковали нас, и с этого момента началось...
Сколько было сброшено бомб, я не считал. Но после перехода в вахтенном журнале прочитал запись. Количество «глубинок» оказалось огромным - 521 раз прогрохотали над нами мощные взрывы. Только 3 июля катера и самолёты немцев прекратили преследовать нашу лодку. Этот рейс в Севастополь запомнился на всю жизнь».