Захватив Мангуп в декабре 1475, турки в самом начале 16 в превращают его в сильную крепость, и оставляют лишь в 1774 году. Правда, после большого пожара 1592 года Мангупская крепость пришла в упадок и уже не восстанавливалась в прежнем величии. Есть мнение, что здесь жил гарнизон солдат-христиан, которые воевали в армии Крымского хана, составляя особый пехотный полк, вооруженный огнестрельным оружием. Правда, в статье Гайворонского (см. литературу) нет никаких аргументов, что солдаты жили именно на Мангупе, но автор в это почему-то верит. В 1666 году турецкий путешественник Челеби не видит тут "никаких строений, кроме мечети с каменным куполом, перестроенной из храма, крытого черепицей, а также колодца с крышей", сам замок не в счет. В замке при Челеби хранилось оружие и амуниция. Крепость Челеби нашел всегда закрытой, ключи у коменданта, и - ни одного человека внутри цитадели. За пределами оной люди были; вместе с турецкими солдатами на Мангупе жили греки (для которых работала старинная церковь), и караимы-евреи, потомки хазар. Когда Крым захватила Россия, Мангуп опустел (караимам разрешили выехать, куда они пожелают, что было им прежде запрещено, и они разъехались по империи, а греков переселили в район Азова). И уже в начале 19 в восторженный путешественник восклицал – “прочь отсюда, ведь нет ничего страшнее, чем неудовлетворенное любопытство”. Действительно, здесь не оставалось уже никого, кто помнил историю города.