Во время Великой Отечественной войны на территории Исторического бульвара, где находилась панорама, не было никаких укреплений и военных объектов, однако гитлеровские воздушные разбойники подвергли здание панорамы прицельной бомбежке и зажгли его.
Полотно было повреждено во многих местах и стало гореть. Под огнем противника группе моряков удалось спасти от гибели большую часть картины. Для этого ее пришлось разрезать на куски. Их эвакуировали в Новосибирск, а после окончания войны перевезли в Москву. Здесь фрагменты были реставрированы.
По этим кускам и фотографиям коллектив (18 художников) под руководством народного художника РСФСР В. Н. Яковлева, а после его смерти — академика живописи, народного художника РСФСР П. П. Соколова-Скаля воссоздал картину.
Творческий коллектив художников, сохранив общий живописный строй картины Рубо, внес уточнения в отдельные детали, изобразил несколько новых эпизодов, которые обогатили содержание картины и усиливают производимое ею впечатление.
Заново сделан и предметный план, на котором воспроизведена обстановка на Малаховом кургане в июне 1855 года.