На 22 июня 1941 г. А-3 проходила текущий ремонт в Севастопольском морском заводе № 201
Обстановка в Крыму в мае 1942 года резко изменилась, в Севастополе усилились действия немецкой авиации и артиллерийский обстрел бухт. Трудности в перевозке грузов в осаждённый город увеличивались, потери в транспортах от авиации противника росли.
Перевозку войск и боевой техники осуществляли корабли надводных соединений флота, но сил не хватало.
Организационно командование бригад пл готовилось к тому, что им может быть поставлена задача перевозки грузов в осаждённый Севастополь и вывоза оттуда раненых. Подобные задачи ранее никогда не выполнялись. Были рассчитаны два варианта подготовки лодок к загрузке: со снятием и без снятия одной группы аккумуляторной батареи. Первый вариант давал возможность принимать наибольшее количество грузов. Однако при этом уменьшалась остойчивость лодки, что могло вызвать опрокидывание ее в подводном положении, поэтому был принят второй вариант. Были произведены средние расчёты по количеству перевозимого груза внутри корпуса лодок.
Выглядели они следующим образом: лодки типа «А» могла взять 15 т.
А-3 (С.Цуриков) не вернулась из боевого похода в 1943 г.

4 сентября 1941 г. в шести милях восточнее Тузлы от взрыва мины получила повреждения М-31 (Е.Расточиль),
Один конвой из барж был атакован М-31 (Е.Расточиль) значительно мористее прежнего фарватера.
За последние рейсы М-31 (Е.Расточиль) вывезла ценности Госбанка на 14 млн. рублей,
В трудных условиях 1942 года потери лодок на прибрежных коммуникациях были самыми большими за всю войну. Не вернулась из боевого похода М-31 (Е.Расточиль),