В то время как Лазарев находился в полярной экспедиции, обострилась обстановка в районе Русской Америки. Все более широкий размах принимали действия английских и американских контрабандистов. Ново-Архангельск прикрывал корабль «Аполлон» — единственное военное судно Россий­ско-Американской компании, но безопасность всех территориальных вод России в этом районе он обеспечить не мог. Поэтому было решено направить к берегам Русской Аме­рики 36-пушечный фрегат «Крейсер» и шлюп «Ладога». Ко­мандование фрегатом возлагалось на Лазарева, а командова­ние «Ладогой» — на его младшего брата Андрея.
Бюст Лазарева установленный возле Музея судостроения и флота в Николаеве.
17 августа 1822 года корабли под командованием Лазарева покинули кронштадтский рейд. Экспедиция началась в ус­ловиях жестоких штормов, вынуждавших Лазарева сделать остановку в Портсмуте. Лишь в ноябре удалось покинуть гавань и взять курс на Канарские острова, а оттуда к берегам Бразилии. Плавание к Рио-де-Жанейро проходило в исключительно благоприятных условиях, однако после отплытия из столицы Бразилии стихия вновь разбушевалась. В море поднялся ураган, начались бури, сопровождаемые снегом. Лишь в середине мая «Крейсеру» удалось подойти к Тасмании. Затем фрегат Лазарева взял курс на Таити.
На Таити «Крейсер» встретился с «Ладогой», с которой он разошёлся во время штормов и теперь согласно полученному ранее предписанию каждый корабль с вверенным ему грузом поплыл своим курсом. «Ладога» — к полуострову Камчатка, «Крейсер» пошёл к берегам Русской Америки.
Около года провел «Крейсер» у берегов северо-западной Америки, охраняя русские территориальные воды от контрабандистов. Летом 1824 года «Крейсер» сменил прибывший в Ново-Архангельск шлюп «Предприятие» под командованием капитан-лейтенанта О. Е. Коцебу. 16 октября «Крейсер» покинул Ново-Архангельск.
Лишь только «Крейсер» вышел в открытое море, как вновь разыгрался ураган. Однако корабль Лазарева не стал укрываться в гавани Сан-Франциско, а выдержал шторм в открытом море. 5 августа 1825 года «Крейсер» подошёл к Кронштадтско­му рейду.
За образцовое выполнение задания Лазарев был произве­ден в капитаны 1-го ранга. Но капитан «Крейсера» настоял, чтобы награды получили не только он сам и его офицеры, но и все матросы его корабля, участники труднейшего похода.
Служба на Черноморском флоте
27 февраля 1826 года М. П. Лазарев был назначен командиром 12-го флотского экипажа и строящегося в Архангельске 74-пушечного корабля «Азов». После окончания строительства, 5 августа — 19 сентября 1826 года, М. П. Лазарев руководил переходом отряда кораблей, в составе «Азова», «Иезекииля» и военного транспорта «Смирный», из Архангельска в Кронштадт.
10 июня — 6 октября 1827 года, командуя кораблём «Азов», совершил переход из Кронштадта на Средиземное море. Здесь, 8 октября1827 года, являясь командиром «Азова», М. П. Лазарев принял участие в Наваринском сражении. Сражаясь с пятью турецкими кораблями, уничтожил их: он потопил два больших фрегата и один корвет, сжёг флагманский корабль под флагом Тагир-паши, вынудил выброситься на мель 80-пушечный линейный корабль, после чего зажёг и взорвал его. Кроме того, «Азов» под командованием Лазарева уничтожил флагманский корабль Мухаррем-бея.
За участие в Наваринском сражении Лазарев был произведен в контр-адмиралы и награждён сразу тремя орденами (греческий — «Командорский крест Спасителя», английский — Бани и французский — Святого Людовика, а его корабль «Азов» получил Георгиевский флаг.
В 1828—1829 руководил блокадой Дарданелл; в 1830 вернулся в Кронштадт и командовал отрядом кораблей Балтийского флота.
В 1832 году Лазарев стал начальником штаба Черноморского флота. В феврале — июне 1833, командуя эскадрой, возглавил экспедицию русского флота в пролив Босфор, в результате которой был заключён Ункяр-Искелесийский договор 1833. С 1833 — главный командир Черноморского флота и портов Чёрного моря, а летом 1834 года — командующий Черномор­ским флотом и командиром портов Севастополя и Николае­ва. В том же году он был произведен в вице-адмиралы.
Командуя Черноморским флотом, Лазарев стал его под­линным преобразователем. Он ввел совершенно новую сис­тему обучения моряков непосредственно в море в обстанов­ке, максимально приближенной к боевой.
Штаты боевых кораблей Черноморского флота были пол­ностью укомплектованы и оснащены артиллерией более высокого качества. При Лазареве Черноморский флот получил более 40 парусных судов. Также Лазарев заказал для своего флота 6 пароходо-фрегатов и 28 пароходов. На Черном море был построен первый железный пароход и начата подготовка кадров для службы на паровых судах.
Однако Лазарев не ограничивался лишь техническим пере­вооружением Черноморского флота. В Севасто­поле была реорганизована Морская библиотека, построен Дом собраний и открыта школа для матросских детей. При Лазареве были построены здания адмиралтейств в Николаеве, Одессе, Новороссийске, начато строительство адмиралтейства в Севастополе.