Утром 15 (28) ноября на всех восставших кораблях и на казармах флотской дивизии взвились красные флаги. Под звуки оркестра Шмидт поднял на «Очакове» сигнал: «Командую флотом. Шмидт». Затем он на контрминоносце «Свирепый» обошел всю эскадру, призывая команды кораблей присоединиться к восставшим. Однако поднять восстание на крупных кораблях не удалось, за исключением «Пантелеймона» (бывшего «Потемкина»), но этот броненосец был полностью разоружен.
В 15 часов по приказу вице-адмирала Чухнина и специально вызванного для подавления восстания известного усмирителя — палача Меллер-Закомельского революционные корабли и флотские казармы были подвергнуты артиллерийскому обстрелу.
«Очаков» и другие восставшие корабли загорелись. Некоторые стали тонуть.
Спасавшихся вплавь матросов расстреливали с Северной стороны и с Приморского бульвара пьяные солдаты карательной экспедиции, а тех, кому удавалось выбраться на берег, приканчивали штыками. Раненный в ногу Шмидт последним покинул крейсер.
Бой с матросами и солдатами, засевшими в флотских казармах, длился около 15 часов. После артиллерийской подготовки пехота штурмовала казармы, но восставшие матросы и солдаты прекратили борьбу лишь утром 16 (29) ноября, когда у них иссяк запас патронов.
Восстание потерпело поражение. Началась расправа с восставшими. Около 1500 матросов и солдат было привлечено к следствию.
Несколько сот из них было отправлено на каторгу, в ссылку, арестантские роты.
Лейтенант Шмидт, машинист Гладков, комендор Антоненко, кондуктор Частник и другие были выделены в особую группу. Их судили в Очакове в феврале 1906 г. Шмидт и остальные подсудимые держались на суде стойко и мужественно, зная, что на их стороне глубокое сочувствие многомиллионных народных масс.
В последнем своем слове Шмидт говорил: «Я знаю, что столб, у которого встану я принять смерть, будет водружен на грани двух разных исторических эпох нашей родины... Позади за спиной у меня останутся народные страдания и потрясения тяжелых лет, а впереди я буду видеть молодую, обновленную, счастливую Россию».