В первых числах ноября 1905 года после очередного митинга Шмидт избирается пожизненным депутатом Севастопольского Совета рабочих депутатов, а 14-го он прибывает на крейсер «Очаков» и объявляет о вступлении в командование флотом.
Перво-наперво новый Командующий озаботился прибытием на «Очаков» военного оркестра – иначе как без музыки обходить парадный строй кораблей! После прибытия оркестра он впадает в очередной «нервический припадок». Следует отметить, что психическое здоровье Петра Петровича и раньше вызывало опасение. Впрочем, надо отдать ему должное – в тактическом отношении диспозицию он построил весьма грамотно: чтобы обезопасить себя от мощной крепостной артиллерии, перед «Очаковым» он расположил линейный заградитель «Буг», до отказа нафаршированный боеприпасами – 1200 пудов пироксилина в минах. Одного неосторожного выстрела было бы достаточно, чтобы вся центральная часть Севастополя в радиусе десяти верст сохранилась исключительно в памяти благодарных потомков. Кроме этих необходимых мер самообороны, новый Командующий приказал свезти на крейсер всех захваченных офицеров и засадить их в трюм в качестве заложников.
Как ни хорош был план, а действительность оказалась хуже всяких ожиданий. Экипаж минного заградителя, проявив флотскую смекалку, открыл кингстоны, затопив корабль, линкоры открыли огонь по «Очакову», попытка Петра Петровича спастись на миноносце провалилась. Он был арестован, объявлен военным преступником, приговорен к смертной казни и расстрелян на острове Березань. Не помогли ни проникновенные выступления столичных газет, ни прошения на имя императора.